欧帕斯研究所那边，积木被解开了，出现了类似基因模型的结构，研究所立刻在三云的带领下做起了实验，成功用模型制造出了蛋白质。
最后冰川来到美杉家中，第1次遇到了翔一，展露出了被翔一这个天然呆克制的老实人形象。
美杉教授让其将玻璃瓶砸碎，看看里面是否是魔术硬币，以此判断是否为超能力者所为，结果未知生命体却出动了。
冰川快速赶到，被金龟哥与银龟哥吊打，还好亚极陀赶到，两人一人一个解决了这两只龟哥。
而那枚硬币却被放学回来的太一砸碎瓶子取出消费了……
另一边，欧帕斯研究所的实验室内，三云一进去，就看到了一个散发着强光的婴儿出现在实验台上。
三云在强光下昏迷了，再醒来时婴儿已经消失不见，只留下了一个神秘的记号。
【我靠，这啥呀？这是？】
【恐怖片来了？】
三云隐瞒了这个结果，由于实验失败，欧帕斯被解散了。
而苇原凉就很倒霉了。
在水中抽搐被送往医院之后，他的身体出现了各种变化，最后只能逃离了医院，给自己的教练提出了退社申请。
结果教练来到他家中安抚他，深受感动的苇原凉，向教练展示了自己的变化，等他再次来到游泳馆内时，教授便拜托其他社员想办法撵走了他。
【太现实了】
【我估计他是变成什么怪物了？吓到教练了。】
【可以理解】
失意之下苇原凉在出租屋之内拿出一张照片，上面是他与一女子的亲密合照。
而此时那女子就在美杉教授家中。
原来她是美杉教授手下的学生，名叫片平真由美，来给真鱼做家教，
结果翔一却被迷倒了，他就喜欢这种成熟的大姐姐，对其一顿夸赞，舔了起来，把真鱼的醋坛子都打翻了。
而与此同时，一名叫片平久雄的男人凭空出现在空中被摔死，明显又是未知生命体作案。
冰川向北条提出派人保护受害者家属，而北条透却说关键是如何击败未知生命体，质疑冰川的战绩配不配得上G3，要向上级作出反应。
没办法，冰川只能亲自保护片平真由美，却被正在献殷勤，要送真由美回家的翔一发现了，此时真由美，还不知道自己父亲死了。
随后冰川便开着车带着翔一、真鱼和真由美回家了，在路上他们了解到真由美有一个因为梦想将其甩掉的男朋友。
观众们瞬间猜出了是苇原凉。
不过其中看似应该有隐情。
果不其然，苇原凉出现在了这里。
真由美数落了苇原凉不负责任的表现，认为后者任性懦弱。
苇原凉不想解释自己的秘密，便想要离开，结果真由美却说没关系，她就喜欢任性懦弱的苇原凉。
苇原凉说保证不会再让她寂寞了。
结果他前脚刚走，后脚眼镜蛇怪人便找上门，冰川想要保护真由美，却被一同打飞，后者当场昏迷。
好在亚极陀很快赶到，但眼镜蛇怪人却叫来了雌性蛇怪人联手攻击，最后战斗不了了之。
在暗处，一个身穿黑衣的小孩，像是在操控着怪人的行动，观众们纷纷猜测起来他的身份。
经过亚极陀的两次救场，小泽澄子认为对方是己方的战力。
而医院醒来的片平真由美，则是知晓了自己父亲被那种怪物杀死的真相，由于恐惧不敢出家门，冰川翔一和真鱼纷纷赶来。
冰川没从真由美这里得到什么有用的信息，但在楼下遇到了北条透。
后者建议高层更换G3着装员被拒绝，便查到了冰川的过去。
原来他在半年前参与了“天亮号”事件，救下了遭遇风暴事故的“天亮号”乘客们，不过因为只有冰川诚碰巧赶到现场，警视厅认为这是一件丑闻，便以G3着装员的资格将他调到了东京。
这是天亮号第1次出现在观众们的耳中，但并没有太多人在意。
这之后，真由美在苇原凉的劝导之下，逐渐从伤痛中走了出来。
但两人却遭遇了眼镜蛇怪人，苇原凉因为保护真由美被眼镜蛇用能力吸入并从空中扔下来。
在这危急时刻，他全身泛光，变为了一副怪物般的模样——假面骑士gills登场，把真由美给吓跑了。
这就是他不和真由美解释的原因，后者将自己被袭击与父亲被杀的原因都归结于苇原凉，这对情侣走到了尽头。
真由美选择回老家了。
【有点倒霉呀，这哥们】
【可能是变身形态太像怪物了吧（滑稽）】
等两个蛇种怪人再次出动时，苇原凉变身假面骑士gills，在悲痛中将其击杀，而雌性蛇种怪人则逃脱了亚极陀与G3的围剿。
另一边，三云在研究所被解散后，便老是看到一个黑衣小男孩，每次她都会追过去，却怎么也追不上。
她觉得那个小男孩就是实验室中的婴儿。
在这天晚上，她在黑夜中被受伤的雌性蛇种怪人盯上了，小男孩示意她不要出手，后者却因为受伤控制不住自己的行动，将三云给杀死了。
小男孩对此表示，“死吧，用自己的手。”
于是雌性蛇种怪人便自杀了。
【这是个boss啊】
【谜团太多了，有点懵】
观众们不知道，夏源却是很清楚，这就是亚极陀世界的至高神——暗之力，俗称黑神。
另一边，警视厅高层表示要重新考虑G3着装员的人选，原因是北条透以向媒体曝光天亮号事件相要挟。
【我就说这逼不是好人】
【耍阴招的来了】
另一边，翔一在收拾真鱼房间时，不小心看到了风谷真鱼的父亲风谷伸幸遇害的报纸，随后便头脑一阵剧痛，出现了一些回忆，晕倒在了地上。
等真鱼跑上来，用手触碰他额头查看状态，却在他记忆中看到了濒死的父亲，等翔一醒来时被真鱼赶出了房间。
另一边，乌鸦怪人正在游乐场作案，高速飞行，一头将一个男人从高处撞了下来摔死在水潭中，而翔一及时赶到，变身亚极陀与其战斗，却因为没有飞行能力吃了个瘪，晕倒在了水池中。
另一边的真鱼则是不断地读取着那段从翔一脑中获取的记忆，不由得升起一个可怕的念头，自己父亲不会是以前的翔一杀死的吧？
等翔一回家再去找那报纸时，报纸已经被真鱼给藏起来了，而太一看他彻夜未归，跑过来疯闹，结果不小心让他一屁股把真鱼的床坐碎了，又被真鱼撵出了房间。
乐观的翔一没有在意，直接在院子里，手工开始打造起了床板，还抓来了前来寻找美杉教授的冰川诚做苦力。
等晚上装床板的时候，真鱼看他这个样子，也是为自己怀疑他的想法感到好笑，翔一怎么可能杀害别人呢？
这之后未知生命体再次出现，这三小队想出动时，却发现家被北条透偷了，基地车和装备都被拉去改造，新着装员也是被定为了北条透。
而火焰形态的亚极陀斩杀了乌鸦种怪人。
这之后，剧情开始真正进入到了新的阶段。
首先是一个叫三浦智子的女人，她在偶然遇到津上翔一之后大为震惊，主动约翔一见面，还通过电话联系一个神秘存在，却在见面前被人用铁丝勒死。
警方发现，三浦智子最后通话的人就是津上翔一，还发现津上翔一在超市购买过铁丝，便将其逮捕。
好在有真鱼用超能力帮助，在案发现场看到最后两位号码，冰川诚推理出了这号码可能是火车的代号，果然找到了那名犯人。
而那犯人就是之前的黑衣小孩，他救了因为使用能力而晕厥的苇原凉，随后又快速经历了少年和青年期成长为大人，恢复了苇原凉衰老的身体。
但苇原凉却受到了暗之力刺激，直接选择变身将其杀死，但黑神却是不死之身，现在又亲自动手杀死一名人类。
另一边成功当上g3着装员的北条透，首战告捷击杀了章鱼怪人，结果后者是假死，第二战诞生了世界名画。
北条透不顾小泽澄子的劝阻，直接脱战甲逃之夭夭了……
【 Cast off？】
【666，你他妈脱的真快】
观众们都惊了，还有这种操作？而夏源第一次在AR看到这种场面也笑死了。
在真鱼和冰川诚的努力下，证明清白的翔一赶到，解决了章鱼怪人。
北条也因此丢了着装员的资格。
随后又是第2名重要人员登场——筱原佐惠子。
她是三浦智子的朋友，两人同登上过天亮号，真鱼在三浦母亲那里得知了她的存在，便和冰川诚一起寻找她，想要了解一下翔一的过去。
而苇原凉的父亲在登上天亮号之后不久就留下一个记事本人间蒸发了。
记事本上有着十个名字，成了破解问题的关键。
而筱原佐惠子的名字赫然在列。
于是两方人一同找到了她。
但筱原佐惠子在看到那记事本上的名字之后，却像是被吓到了一般，什么都不肯说。
通过她的哥哥，几人知道了佐惠子会天天潜入湖中捞文物，说是寻找传说中的战士石像。
然而这些文物却是她哥哥自己投进去的，为的是让在天亮号事件后丢了魂一般的妹妹振作起来。
翔一想要让活在幻想中的佐惠子清醒，却被苇原凉狠狠打了一拳，因为他感觉自己和佐惠子同病相怜，能在幻想中逃避已经很好了。
但很快，新的斑马怪人出现，将违规出动着装G3的北条透干废，然后让亚极陀陷入苦战，最后冰川诚肉身拿着G3的手枪，以手臂受伤为代价，帮助亚极陀打退了两个斑马怪人。
随后斑马怪人又兵分两路，一个去袭击佐惠子，一个去袭击北条透与冰川诚保护的受害者家属。
苇原凉击杀了斑马怪人，对其有好感的佐惠子却已经淹死在了湖中。
【二号受害者登场】
【不是哥们，你有点克妻吧？】
而北条透在亚极陀赶到与斑马战斗时，魔怔的要捕获亚极陀，冰川诚劝阻失败后，狠狠干了他一拳。
观众们顿时拍手叫好，他们早就看这逼不顺眼了。
不过夏源也是笑了，这集是整个平成骑士系列中收视率最高的一集，很难说与揍了北条透一拳没有关系。
至此，假面骑士亚极陀中，已经出现了非常多的谜团。
首先最大的谜团就是天亮号事件。
主角津上翔一的失忆，苇原凉父亲的死，以及两名经历过天亮号事件，行为非常怪异的三浦智子与佐惠子，都直指这次事件。
然后是风谷真鱼父亲的死，翔一当时为什么在场？
第三点就是关于未知生命体也就是Unknown，以及亚极陀的问题，还有那能操控Unknown的黑衣男子，谜团都非常多。
这一大堆的谜团，把观众们看得是云里雾里的，同时又十分想要解开谜团，只能一集一集地往后看去。
首先是第14集，当时负责真鱼父亲案子的河野刑警一直追查着案件，得知了风谷伸幸死前的中午曾与人在一家咖啡厅喝过咖啡，还爆发了争吵。
线索是那天刚好是店铺十周年纪念日，那人带走了一个黄色的纪念咖啡杯。
而美杉太一在柜子里拿杯子时正好不小心打碎了一个同款杯子，美杉教授的脸色非常不好看。
然后是第15集，一个名叫榊亚纪的女子，伪装成家政妇的模样，来到了美杉教授家中，帮忙照顾发烧的太一，把翔一迷住了，随后便套他的话，然而后者失忆什么都不记得了。