有一天，北京市市委书记李锡铭参加了我们组的讨论，当组长王虎介绍我是北京水利电力经济管理学院的代表时，李锡铭笑笑说道：“我们是一家人嘛。”在讨论会上，我提出北京市建设规划的问题，希望中央的相关单位和北京市统一规划一下。因为原先北京市规划局只考虑到北京市下设的各院校，中央的院校被挪到远郊区去办学，这样就不容易调动中央的资金，对北京市的教育发展也是十分不利的，应该统筹规划出一份详尽的计划。
第五件工作是：1990年12月，在南京河海大学召开中国水利高等教育学会成立大会，我在会上被推选为常务副理事长。这个学会设在了北京水利电力经济管理学院西郊分部，平时有些日常的事务便由我们来处理，由学校窦以松教授担任秘书长一职，办公的地点和“会刊”就设立在学校的研究生部。
妻子的工作与健康
该内容涉及隐私，您可能无法查看！孩子们的情况
该内容涉及隐私，您可能无法查看！退居二线
1992年10月1日，我获得由国务院颁发的政府特殊津贴，是在国家水利部召开的机关全体大会，我们水利电力经济管理学院西郊分部有九位教授得此殊荣，并由我代表大家上台接受证书，当时杨振怀部长亲自给我们颁发了这项政府特殊津贴的证书。1993年4月，我到了退休的年龄，在学校中也物色到了能够接替我职位的人。当时我因为突发脑梗，使得我的记忆力很不好，说话也不如从前了，而且一般早上坐车来学校时，都需要别人的搀扶。所以医生为我写了一个诊断书，我把它拿给领导看了，以便让他们了解我的现实情况。当时杨部长让教育司司长沈国衣转告我，希望我继续再工作半年时间，虽然在工作发展上这半年会给我带来一些好处，因为学院即将宣布成立，我则会成为正院长，但我对这些已经看得很淡了。
1993年1月20日，《中国水利报》首版刊登南新旭（右二）代表北京水利电力经济管理学院西郊分部的九位教授，接受国务院颁发国家特殊津贴证书
那时妻子在家里也需要人照顾，我自身的身体也不再适合一线的工作，所以还是申请在学校内部找两个同志顶替我的工作，一个是张利、一个是朱尧州，在把工作交给这两位同志后，我便退居二线，平日只参加一些学术活动而已。
1993年4月，主管教学、科研的副部长严克强来校参观，当时由我主持召开了西郊全体教职工大会。会上，严部长首先对我在西郊十四年的工作情况做出了一个充分的肯定，并且说道：“希望大家不要忘记南院长对西郊工作做出的贡献。”接着严部长向大家介绍了新调任的书记兼院长孙忠祖同志。
1992年，杨振怀部长（前排右五）、严克强副部长（前排右六）接见水利院校领导 （南新旭前排左二）
参加徐州工程机械厂庆祝大会
1993年夏天，是徐州工程机械厂建厂50周年，在当天的庆祝大会上，请了很多著名的演员来助兴，同时也请了国内二十多名工程机械专家，集中商讨今后5年的发展规划。会上有的专家建议：“美国工程机械设计水平高，我们厂可以和美国工程机械研究机构联合，在美国成立工程机械研究院。德国的制造工艺比较好，所以可以和德国的有关部门联合成立工程机械制造厂。”这个想法不是很切合实际，但工厂却采纳并纳入了发展纲要，以供相关专家继续讨论。
我觉得这样做不符合发展需要，当时我国的产品在很多方面依旧还很落后，于是在研讨会上我提出我们可以引进国外的产品，在进一步的消化吸收后，重点发展我国的自主产品，我同时表示我们的高等院校可以在培养创新人才方面出一份力量。当时会上我的发言得到了工程机械行业领导杨红旗的支持，那时他也退了下来，担任工程机械行业协会的理事长。
后来我因为身体原因没有再到徐州工程机械厂去，不过后来听说这个厂子发展很快，从1990年每年10亿元的产值，发展到至今的每年4000多亿元产值，这个发展是相当惊人的。
被推选为中国工程机械学会的常务理事
1993年8月，在上海同济大学召开了中国工程机械学会成立大会。中国工程机械学会是由挖掘机械研究会、工程起重机械研究会、铲土运输机械研究会、工程机械测试技术研究会等多家研究会联合而成的，这样工程机械学会具有了相当雄厚的技术基础，因此它在成立之初就从国家二级学会提升为国家一级学会。
会上，我被推选为该学会的常务理事，当时还有中共中央候补委员参加，叫做郑光迪，她在交通部担任副部长，曾经留苏学习工程机械专业。
身体状况
1993年我从院长的职务引退下来后，依旧带研究生做一些科研选题，直到1995年4月我第二次脑梗突发，经过医院的仔细检查，我同时还患有冠心病等多种疾病，这些都是我多年工作长期积劳成疾的缘故，工作的繁忙早就让我患上了高血压。从副院长的岗位退下来后依旧很劳累，但我还是坚持工作，而且还要负责妻子的饮食起居，她躺在床上有时还能够活动。
我带研究生带了一半，脑梗再次突发，我只得把学生转手让其他老师负责带他们。1995年我办了离休手续。
在我住院期间，家里请来保姆照顾妻子，做做饭、买买菜、负责洗洗衣服，最多算是一个小时工，正式雇佣保姆是在2000年后。
故地重游，感慨万千
1997年10月，在西安的黄河工程机械厂召开第二次中国工程机械学会会议，我再次参与其中，当时还被工程机械厂正式聘请为顾问，我因为身体的原因推辞，但经过再三推让最后还是当了一两年的顾问。
1997年，工程机械学会在黄河工程机械厂开会时，全体人员合影（南新旭第一排左六）
在这次会议期间，学会组织安排了一次参观延安的活动，但时间相对短促。来到曾经的故地，只参观了宝塔山、杨家岭、毛主席故居、七大会场、历史博物馆等，这些地方名字虽然没有改变，但是曾经的革命历程却早已化为了历史的缩影。想起了儿时在这里学习、看书、玩耍的开心日子，这里是我成长的乐土，教会了我世间的爱与奉献，知道了什么是社会主义与无产阶级。怀念着过去的小米饭和炒白菜，但那时怎么吃都会感到这是世间独有的美味，但现在吃下去会有种扎嗓子的感觉。
还回想起母亲的笑，父亲睿智的眼神，姥姥的白面馒头……
退休后的生活
2000年9月，国家教育体制出现了变动，国务院各业务部委不再办大学，他们下属的大学或归属地方，或归属教育部。华北电力大学在后来的几年里规模发展得大了一些，就划归到教育部，而我们学校最终并入北京工业大学，所以从那时起我就算作是北京工业大学的离休教授。
这个阶段，我身体欠佳，因为在做心脏显影时，发现心脏两边的主要血管出现了堵塞现象，就连我妻子也十分奇怪，说我这样的身体情况还能够活下来，真是奇迹！然后，有一位从国外回来的北大医院医生，提出要为我做心脏搭桥手术。但这个手术对身体的损害度也十分大，当时我和妻子也有点不甘心，便拿着我的片子找到阜外心血管病心脏研究中心的主任。他看过后告诉我，心脏的侧支循环已经形成得很好，可以不用进行手术，但建议我平时散散步，出去买点东西是不会影响身体健康的，但要注意不要过度劳累，也再三告诫我的心脏不能够乘坐飞机，要限制我的活动。