后来的事实发展表明：通过和平方式解决巴以争端是最佳选择，但实现的道路确实是漫长、曲折的，充满着冲突、战乱，其艰巨、惨烈、扑朔迷离的程度远远超乎了人们的预料。
从1991年12月起，巴以双方在美国克林顿政府的斡旋下，在巴被占领土第一次“石头起义”（从1987年12月到1992年年底）的配合下，经过20个月的11轮秘密谈判，终于在1993年8月达成了“奥斯陆协议”草案。据此，同年9月，阿拉法特和以总理拉宾在克林顿主持下，在华盛顿正式签署了巴以第一个和平协议——《巴勒斯坦有限自治原则宣言》，即《奥斯陆协议》。协议规定：以同意巴在部分被占土地上实行为期5年的自治，巴勒斯坦人首先在加沙—杰里科地区实行自治，在此期间，双方根据安理会242号决议就巴最终地位问题达成永久性解决，时间不迟于1999年年底。这是巴以和平进程取得的一个初步突破。但是，协议回避了恢复巴主权和建国等根本问题。
从1993年10月起，双方就实施巴自治问题进行谈判。1994年7月，阿拉法特返回离别27年之久的内地，以巴民族权利机构主席身份，在巴勒斯坦的土地上领导巴人民解放事业。1998年12月，阿拉法特在加沙主持召开巴各界人士大会，宣布废除“巴解”组织宪章中有关“消灭以色列”的条款，为双方合作创造了一些和解气氛。经过7年艰苦工作和斗争，巴在自治方面取得一些成果。到2000年9月，巴收回加沙、约旦河西岸近40％土地，开始在那里实行自治。
但和谈中，巴以在两个重要方面争执不下：首先，关于扩大自治区范围的谈判，原定于1999年5月结束，因为以方坚持保留和扩建犹太人定居点，控制战略地区，虽经多次延期，到2000年9月一直没有取得结果，约旦河西岸、加沙大部分土地仍被以军队占领；其次，1996年开始的巴最终地位谈判，原定3年完成，也由于双方在耶路撒冷地位、巴难民回归、划界、安全安排等涉及主权的重大问题上存在根本分歧，到1999年仍未达成协议。为此，巴勒斯坦群众的不满情绪在普遍增长。
在和谈同时，巴以各种流血事件不断发生。有双方内部的反和势力为干扰和谈制造的事端；或因宗教、土地等问题引发的冲突；亦存在“巴解”下属不同组织领导的、反对以占领的武装行动；还有以政府对巴抵抗运动采取的军事打击。
从1991年11月马德里中东和会算起，巴以和平进程已经历近13个年头。如果以1993年8月“奥斯陆协议”为起点，这个进程也超过11年了。由于巴以之间存在的领土、主权等根本矛盾得不到解决，加之上述来自双方内部的各种因素的影响和干扰，尤其是以色列政权更迭，右翼集团上台对和谈采取强硬态度，和平进程经常出现波折。
（一）1993年10月巴以进入自治谈判的开始阶段，在以温和派工党领袖拉宾执政期间，和谈进展比较顺利。1995年9月拉宾与阿拉法特签订“塔巴协议”，以方应允从约旦河西岸6个城市和450个村镇撤军，招致以色列极右分子的忌恨。11月拉宾在一次和平集会上遭暗杀，和平进程产生不稳定因素。
（二）1996年5月，以色列右翼“利库德集团”领袖内塔尼亚胡总理上台，采取强硬立场，宣布“以安全换和平”代替拉宾的“以土地换和平”，声称不同意巴建国、不谈耶路撒冷问题、不停止扩建定居点，巴以关系骤然紧张。同年9月以色列开放穿越耶路撒冷穆斯林圣地阿克萨清真寺的地下通道。巴勒斯坦人认为以色列此举意在改变耶路撒冷问题现状，结果以军队与巴群众之间爆发了严重冲突，造成七十多人死亡，上千人受伤。1997年3月，以在东耶的哈尔霍马（阿拉伯地区）建立新的犹太人定居点，巴勒斯坦人反对，以军开枪打死多人。7月和9月耶路撒冷发生两次巴勒斯坦人的自杀性爆炸事件，以平民遭到重大伤亡，以宣布中断和谈。其间在内外压力下，内塔尼亚胡政府虽与巴自治当局签订了一些撤军协议，但未能完全执行，和平进程陷于僵滞。
（三）1999年5月，工党领袖巴拉克总理执政后，表示奉行拉宾的和平路线，重新启动和平进程，并取得了若干进展。但是谈判越到后面，碰到的问题难度就越大，如以色列从耶路撒冷附近人口集中的心脏地区撤军，以及建立连接西岸与加沙的安全通道等敏感问题。特别是巴最终地位谈判问题，事关独立、主权，更是块“难啃的骨头”。因此，巴方多次宣布1999年年底前达成协议，但建立巴勒斯坦国的目标一再落空。2000年8月克林顿邀请阿拉法特和巴拉克赴戴维营会谈，企图做最后挽救，也以失败告终。在此情况下，巴群众失望和愤懑情绪迅速滋长，达到顶点。9月利库德集团领导人沙龙闯圣殿山清真寺，犹如一点火星溅在干柴上，引发了巴被占区人民第二次“石头起义”，以当局随即进行军事镇压，重新占领巴自治区大片土地。这样，大规模流血冲突，破坏了巴以领导人之间多年建立起来的承诺，和平进程严重倒退。
巴以和平进程的由来与发展
（四）2001年5月，以色列右派领袖沙龙出任总理后，实行高压拒和方针。以当局在布什政府鼓励下，以“反恐”为掩护，武力重占大批巴勒斯坦控制的城镇，刺杀巴高级领导人（炸死“人阵”[3]总书记），并把打击矛头直指阿拉法特及其领导下的民族权力机构，将这个机构定性为“支持恐怖主义的实体”，宣布断绝同阿拉法特的一切联系。2002年3月后，以军多次对加沙巴自治机构驻地进行野蛮轰炸，对阿拉法特住所进行围困并断电、断水，将其软禁在拉马拉，企图另找人选取而代之。2002年7月，为了刺杀哈马斯军事领导人谢哈德，沙龙命令以空军派出F16战斗机，对谢哈德在加沙的寓所发射了1吨重的激光制导导弹，当场炸死16人，其中包括一名只有两个月大的婴儿。两天后，加沙有25万人参加了谢哈德的葬礼。沙龙当局残酷的军事打击，特别是杀害平民的行动，激起了巴群众愈来愈多的反以、抗以活动，其中包括用“人体炸弹”进行报复。
截止到2002年12月，在两年多的冲突中，双方死亡2710人,其中巴勒斯坦人2030人,以色列人680人，伤者不计其数。和平进程遭到11年来最严重的挫折。
（五）2003年年初，沙龙再次当选总理，继续采取强硬蛮横的政策，巴以之间“以暴易暴”、“冤冤相报”，冲突愈演愈烈，两个民族结怨越来越深。
2003年年底，沙龙提出“单方面脱离接触”计划，认为以巴不可能通过谈判就双方争端达成协议，决定从2004年6月起，在两年内单方面有条件地撤离加沙地带；但对战略地位重要的巴被占领土主要部分——约旦河西岸避而不谈，而且强调继续修建隔离墙，加紧对西岸的军事控制。这个计划的实质目的在于回避“土地换和平”的基本原则，以实力为后盾，通过单边行动，吞并西岸大部分土地，造成巴以分离的事实，保证以的绝对安全。这样，实际上中止了巴以和平进程。
从2004年年初开始，以色列的定点清除政策有了进一步升级。3月以来，先后在加沙刺杀哈马斯精神领袖亚辛和主要领导人兰提斯；对阿拉法特继续用重兵围困软禁在拉马拉官邸，直到10月29日他病危被送往法国抢救。
（六）2004年11月11日，阿拉法特在巴黎逝世，巴民族运动进入低潮。其主要标志是“巴解”内部发生分裂，同室操戈，哈马斯把法塔赫赶出加沙，在那里接管了权力。巴以和平进程完全停顿。